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ふるさと納税を5年やっていて、毎年5自治体前後に寄付しています。私は株式の損益通算で確定申告をするようになってからは、ワンストップ特例は使わず、寄付金控除も e-Tax にまとめて入力する派です。
最初の年は本当に手こずりました。受領証明書を全部段ボールから引っ張り出して、e-Tax の画面で1件ずつ手入力。「これ、寄附金控除のメニューはどこから入るんだっけ」「ふるさと納税は『特定寄附金』に該当するの？」「同じ自治体に2回寄付したのは、まとめて1件で書くの？」と、毎ステップで止まりました。
5年やって、ようやくこの作業が30分以内で終わるようになりました。今日は、私が迷ったところ・覚えた手順を順番に書いておきます。「副業ではない確定申告」を初めてやる人、来年から確定申告派に切り替えたい人の参考になればと思います。
大前提：ワンストップ済みの分も「全件」入れる
意外と知られていないのが、ワンストップ特例の申請書を出していても、その年に確定申告を1件でも出した時点で、ワンストップは全件無効になる、というルールです。医療費控除・住宅ローン控除1年目・株式の損益通算など、理由を問わず、確定申告を出す側に回った瞬間、ふるさと納税分も全件 e-Tax に入れ直す必要があります。
「ワンストップで出したから、確定申告には書かなくていいよね」は誤りです。書かないと、その自治体への寄付ぶんは控除されずに消えます。
詳しくは別記事にまとめています。→ 住民税決定通知書、毎年5月に届く紙を3分だけ見てください
事前準備：寄付金受領証明書を全件そろえる
e-Tax の入力画面に入る前に、寄付した自治体ごとの「寄附金受領証明書」をそろえます。紙で郵送されてくる自治体もあれば、PDFをダウンロードする方式の自治体もあります。
ここで大きな時短になるのが、ふるさと納税ポータル側が出している「寄附金控除に関する証明書（XML）」です。令和3年（2021年）分以後の確定申告から使える制度で、ポータル内の寄付履歴をまとめて1枚の電子証明書に変換してくれます。
楽天ふるさと納税の場合は、マイページから寄付履歴のメニューに入ると、年単位で「寄附金控除に関する証明書」がダウンロードできます。
→ 楽天ふるさと納税はこちら ※ PR
この XML を e-Tax にアップロードすると、寄付件数・自治体名・寄付額・寄付日が一括で取り込まれます。私の場合、楽天で寄付した5〜6件はこれで一発、残り1〜2件（楽天以外で寄付した分）だけ手入力、という運用です。
ふるさとチョイス・さとふる・ふるなび等の他ポータルも、同じ XML 形式の証明書を発行しています。複数ポータルを使っている人は、ポータルごとに XML を作って、e-Tax で順番にアップロードする流れになります。
なお、XML は PDF とは別物で、e-Tax で使えるのは XML だけです。PDF をダウンロードして印刷しても確定申告には添付できません（紙で申告する人は、XML を国税庁の「QRコード付証明書等作成システム」で QR コード付 PDF に変換すれば紙でも使えます）。
e-Tax 寄附金控除メニューの場所
ここから先は画面の話です。e-Tax（確定申告書等作成コーナー）にログインしたあと、
「所得控除の入力」→「寄附金控除」→「入力する」
ここまで進みます。最初の年、私は「税額控除」の中を探していて見つかりませんでした。寄附金控除は所得控除のほうに入ります。ここを覚えておくと迷いません。
「特定寄附金」と「ふるさと納税」の選び方
入力画面に入ると、寄付先の種類を選ぶプルダウンが出ます。「特定寄附金」「都道府県・市区町村に対する寄附金」「特定の公益財団法人等」など複数の選択肢が並んでいます。
ふるさと納税は「都道府県・市区町村に対する寄附金」を含む選択肢を選びます（年度によって「（ふるさと納税など）」のような補足語が付く場合があります）。「特定寄附金」を選ぶと、ふるさと納税の特例控除（自己負担2,000円を超えた分が控除される仕組み）が適用されません。
ここは間違えやすいので、入力後の確認画面で「都道府県・市区町村に対する寄附金」が選択されているか、特例控除の対象になっているか、をチェックします。なっていれば正解です。
同一自治体への複数回寄付は、1件ずつ入れる
同じ自治体に年内2回寄付した場合、「まとめて1件で書く」のか「2件に分けて書く」のかで迷いました。
答えは「寄付ごとに1件ずつ」です。受領証明書が2枚来ているなら、e-Tax にも2件分を入力します。寄付日・寄付額がそれぞれ違うため、合算してしまうと数字の根拠が崩れます。
XML 取込みなら自動で1件ずつ展開されるので問題ありませんが、手入力派の人は注意してください。
もっと楽な方法：マイナポータル連携で自動入力
ここまでが従来の流れですが、ここ数年でさらに便利になったのが「マイナポータル連携」です。マイナンバーカードでマイナポータルとふるさと納税ポータルを連携しておくと、確定申告書等作成コーナー側で「マイナポータル連携で取得」を選ぶだけで、XML すらダウンロード不要で寄付情報が自動入力されます。
私は今のところ XML 手動アップロード派ですが、来年からはマイナポ連携を試そうかと考えています。マイナンバーカードの初期設定が済んでいる人は、最初からこちらを選ぶほうが早いです。
入力後の確認：所得税の還付額と住民税の控除額
すべての寄付を入力し終わると、画面の右上か計算欄に「還付される金額」が表示されます。ここで「思ったより少ない？」と感じることがあります。
ふるさと納税は、所得税からの還付と、住民税からの控除の2段構えで戻ってきます。e-Tax の「還付額」として最終的に表示されるのは所得税の還付分だけ。住民税の控除分（こちらのほうが大きい）は計算明細では確認できますが、実際に効くのは翌年5月に届く住民税決定通知書からです。
つまり、「e-Tax で少ない金額が出てきた」=「残りは来年5月に住民税から引かれる」ということです。ここを理解していないと、「私のふるさと納税、3万円しか戻ってきてない！」と焦ることになります。
受領証明書の保管：申告方法で扱いが変わる
確定申告で寄付金控除を申請したあとの保管ルールは、申告方法で変わります。
- 紙の受領証明書を使って申告した場合：5年間の保管義務あり（税務署から提出を求められる可能性があるため）
- マイナポータル連携 or e-Tax で XML を送信した場合：紙の保管義務なし（e-Tax 側にデータが残るため）
私は紙の受領証明書をクリアファイル1枚にまとめて、年単位で保管箱に放り込んでいます。XML 派・マイナポ連携派の方は、紙の証明書が届いても処分してOKです。これ、知らないと毎年クリアファイルが増えていきます。
楽天ふるさと納税で寄付するなら
e-Tax入力の話と少し外れますが、来年分の寄付先を選ぶなら、私は普段使っている楽天ふるさと納税
を使っています。楽天カードでの支払いなら、カードの通常ポイント（支払い総額の1%前後）はつきます。サイト独自のポイントは今はどこも横並びなので、私は単に使い慣れている楽天を選んでいる、という感じです。
楽天ふるさと納税を使う時の、一つの注意点
以前は、楽天のSPU（スーパーポイントアッププログラム）を意識して還元率を上げる、という工夫がありました。ですが2025年10月の制度変更で、ふるさと納税サイトが独自に付けるポイントは廃止されています。今つく可能性があるのは、支払いに使ったクレジットカードの通常ポイント（支払い総額の1%前後）だけです。
「お買い物マラソン」のタイミングを狙う、といったポイント目当ての時期合わせも、今はもう気にしなくて大丈夫です。寄付のタイミングで唯一意識したいのは、その年の控除にするなら12月31日までに決済を終えること、くらいです。
まとめ：手順を覚えれば30分で終わる
最初の1年は1日仕事でしたが、2年目以降は30分で完了します。ポイントは3つ。
- ポータルから「寄附金控除に関する証明書（XML）」を年単位でダウンロード（または最初からマイナポ連携）
- e-Tax の「所得控除 → 寄附金控除 →『都道府県・市区町村に対する寄附金』」で入力
- 同一自治体への複数回寄付は1件ずつ・紙の受領証明書を使った人は5年保管
「副業ではない確定申告」を初めてやる年は、ふるさと納税の処理だけ先にこなしておくと、医療費控除や株式の損益通算も気持ちが軽くなります。e-Tax の画面は毎年少しずつ改善されていて、今は本当に分かりやすくなっています。
来年の3月、確定申告の入り口で迷いそうなときに思い出してもらえたら嬉しいです。
ふるさと納税のサイト選びで迷っている方は、楽天とさとふるを比較した記事に私の選び方をまとめています。
